Το Τμήμα Χημείας διοικείται από τη Συνέλευση Τμήματος (Σ.Τ.), τη Γενική Συνέλευση Ειδικής Σύνθεσης (Γ.Σ.Ε.Σ.) και τον Πρόεδρο του Τμήματος.

Πρόεδρος του Τμήματος Χημείας για την διετία 2017-2019 είναι ο Καθηγητής κος. Σπαθής Παναγιώτης
Αντιπρόεδρος του Τμήματος Χημείας για την διετία 2017-2019 είναι ο Καθηγητής κος. Αχιλιάς Δημήτρης
Γραμματέας της σχολής είναι η κ. Σταυρακάκη Λυδία.

Πρόεδροι του Τμήματος έχουν διατελέσει οι κ.κ.

Η Σ.Τ. αποτελείται από 30 μέλη ΔΕΠ, τους διευθυντές των Τομέων, τον Πρόεδρο του Τμήματος, 1 ΕΕΠ, 1 ΕΔΙΠ, 1 ΕΤΕΠ, 1 προπτυχιακό και 1 μεταπτυχιακό φοιτητή.
Η Γ.Σ.Ε.Σ. αποτελείται από 30 μέλη ΔΕΠ, τους διευθυντές Τομέων, τον Πρόεδρο του Τμήματος και 1 μεταπτυχιακό φοιτητή.

Ο Πρόεδρος συγκαλεί την Σ.Τ. και τη Γ.Σ.Ε.Σ., ορίζει την ημερήσια διάταξη και προεδρεύει στις εργασίες τους. Προτείνει διάφορα θέματα της αρμοδιότητάς τους, κρατάει το μητρώο των μελών ΔΕΠ και εποπτεύει την τήρηση των αποφάσεων της Σ.Τ. και της Γ.Σ.Ε.Σ.

Τομείς
Κάθε Τομέας διοικείται από τον Διευθυντή και την Γενική Συνέλευση του Τομέα.
Η Γενική Συνέλευση του Τομέα αποτελείται απ' όλο το εκπαιδευτικό προσωπικό του Τομέα, πέντε αντιπρόσωπους των προπτυχιακών φοιτητών και έναν αντιπρόσωπο των μεταπτυχιακών φοιτητών καθώς και τους υπότροφους του Τομέα. Η Γενική Συνέλευση του Τομέα εκλέγει τον Διευθυντή του Τομέα, διατυπώνει προτάσεις για το Πρόγραμμα σπουδών, φροντίζει τα οικονομικά του Τομέα και αποφασίζει για τα διδακτικά καθήκοντα του προσωπικού του Τομέα.
Ο Διευθυντής του Τομέα συγκαλεί την Γενική Συνέλευση, καθορίζει το ημερήσιο πρόγραμμα, προεδρεύει των συνελεύσεων και ελέγχει άν εκτελούνται οι αποφάσεις.

Διευθυντές Τομέων από 1/9/2017 έως και 31/8/2018
Διευθυντης του Τομέα Γενικής, Ανόργανης και Θεωρητικής Χημείας είναι ο Καθηγητής κος. Ασλανίδης Παρασκευάς
Διευθύντρια του Τομέα Οργανικής Χημείας και Βιοχημείας είναι η Καθηγήτρια κα. Μαλαμίδου-Ξενικάκη Ελισάβετ
Διευθυντης του Τομέα Φυσικής, Αναλυτικής και Περιβαλλοντικής Χημείας είναι ο Καθηγητής κος. Ζαχαριάδης Γιώργος
Διευθυντης του Τομέα Χημικής Τεχνολογίας και Βιομηχανικής Χημείας είναι ο Καθηγητής κος. Λαζαρίδης Νικόλαος