Πληροφορίες Μαθήματος

Εκμάθηση /άσκηση σε πλοήγηση επιστημονικών σελίδων που σχετίζονται με τράπεζες δεδομένων ( πρωτεϊνών, νουκλεοτιδίων) Εμβάθυνση στις δομές μακρομορίων με νέες τεχνολογίες Εισαγωγή σε βασικές έννοιες της βιοπληροφορικής, στα εργαλεία της βιοπληροφορικής και στην σκοπιμότητά της Μέσα από τη διδασκαλία του μαθήματος ο φοιτητής είναι σε θέση να κατανοήσει τη μονοσήμαντη σχέση ακολουθίας και δομής μιας πρωτεΐνης και να προσεγγίσει το πρόβλημα της αναδίπλωσης με τη βοήθεια των εργαλείων της βιοπληροφορικής. Οι βάσεις δεδομένων βοηθούν τον φοιτητή να εμπεδώσει τη σχέση δομής και λειτουργίας βιολογικών μορίων και διακρίνονται τόσο για τη διδακτική όσο και την αισθητική αξία τους.

ΔOMIKH BIOXHMEIA Μοτίβα πρωτεϊνικής δομής, α-δομές, α/β δομές, β-δομές, αναδίπλωση και ευκαμψία, δομές DNA, έλικα-στροφή-έλικα, Αναγνώριση DNA από ευκαρυωτικούς μεταγραφικούς παράγοντες, δομές ειδικών μεταγραφικών παραγόντων, δομές πρωτεασών σερίνης, δομές μεμβρανικών πρωτεϊνών, δομές ινωδών πρωτεϊνών, δομές στην αναγνώριση ξένων μορίων από το ανοσοποιητικό σύστημα, πρόβλεψη, μηχανική και σχεδιασμός πρωτεϊνικών δομών, στοιχεία ανάλυσης και προσδιορισμού πρωτεϊνικών δομών. ΣTOIXEIA BIOΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ Αρχές δομικής Βιοπληροφορικής, Ομοπαράθεση ακολουθιών, FASTA, BLAST, Πολλαπλή ομοπαράθεση ακολουθιών, CLUSTALW, MOTIFS, Φυλογενετικά δένδρα, Πρόβλεψη δευτεροταγούς δομής πρωτεϊνών και νουκλεϊνικών οξέων .Πλοήγηση σε εργαλεία πρωτεομικής και πρωτεϊνικής μηχανικής. Σχεδιασμός εκκινητών για αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR). Συγκριτικός σχεδιασμός δομής πρωτεϊνών, Ανάλυση μικροδιατάξεων,.

Εισαγωγή στη δομή των πρωτεϊνών( Carl Branden and John Tooze), μεταφραση Βιοπληροφορική (Σοφία Κοσσιδα)